過去，美國因為曾經發生西奈爾病毒引起的傳染病，美國CDC制定了詳細全國西奈爾病毒監控及預防指導方針，並在各州設立檢查站，偵測鳥類及蚊子的病毒，以及馬和人類是否遭到感染，並訂定負責單位的工作、行政單位的協調、資料共享機制，以及研究的方向與目標。各州每年都要提出報告，以便預防傳染病。台灣對於近年來愈趨嚴重的登革熱與腸病毒，也應未雨綢繆。
環境及個人衛生
許多證據顯示，近百年來，人口快速增加及壽命延長的主要因素，是衛生及營養改善，疾病治療的貢獻相對比較小。1973年到1976年的《世界衛生年鑑》就指出，不管疫苗接種比例多高，開發中國家的傳染病正持續減少。1923年到1953年，沙克疫苗發明以前，美國及英國小兒麻痺死亡率分別持續下降到47%及55%。同樣的，1915年到1958年，麻疹疫苗還沒出現以前，美國的麻疹死亡率也逐年下降到只剩1915年的5%。由於這些疾病都沒有有效的治療方法，死亡率下降顯然是由於衛生條件與營養的改善。19世紀末，英國發生天花傳染病，醫師發現染病者大都住在衛生很差的社區，其中有不少還是打過疫苗的人。
1982年，台灣發生小兒麻痺流行，在1031個病例中，家中沒有自來水的病人數量，比有自來水的病人多了五倍。這些數字清楚指出，環境及個人衛生是預防傳染病發生的重要因素。
隔離
經驗及理論都告訴我們，有效隔離是抑制傳染病最有效的方法。隔離（quarantine）的拉丁文「quaresma」，意思是「四十」。14世紀黑死病盛行，威尼斯為了防止來自疫區的船隻帶來瘟疫，命令所有來自疫區的船隻都必須停在港內四十天才能上岸，此後各海港都效法這個措施，這個字就變成檢疫隔離的專有名詞。
病源，尤其是病毒，需要靠宿主繁殖，在有效隔離的情況下，病源無法從一個宿主傳到另一個，就無法繼續繁殖，使傳染病中止。但這並不能說病毒就消失了，事實上，最近的研究發現，病毒會變得較為溫和，轉到其他地區，產生不太引人注意的小流行病，並隨著季節轉移到不同地區，一直到病毒又變成殺傷力強大、易於傳染的病毒株，才會造成可怕的大流行病。因此，隔離只能算是暫時應急的手段，長久之計還是要找出有效的預防及治療方法。
如何防止接觸感染
傳染病，顧名思義就是疾病透過某種方式，由病人傳給其他人的疾病。所以自古以來瘟疫發生時，大家都很自然地避開與病人的接觸。真正有系統地發現病源會經由接觸傳給其他人，而且可以經過消毒防止感染，應該是西梅衛斯醫生（Ignaz Semmelweis）。1847年，當時人們還不知道有細菌或病毒，西梅衛斯發現在醫院由醫生接生的孕婦死亡率很高，由產婆接生的孕婦死亡率反而低很多。當時醫生必須學習解剖，解剖完又去接生。西梅衛斯醫生懷疑，孕婦會死亡是因為醫師解剖完屍體後，把病源菌帶到產房的緣故。為了證明他的想法，西梅衛斯要求醫師們在接生嬰兒之前，先將雙手消毒，並換上乾淨的衣服，這就是醫護人員穿制服的由來。孕婦死亡率果然很快就下降。從此之後，醫師看診之前一定要洗手，穿乾淨的衣服。
由此可見，個人衛生的確是防止傳染病的一個重要因素。我們可以避免握手及接觸大眾摸過的東西，例如錢幣、公共場所的扶梯、按鈕等等，並且養成以正確方式勤洗手的習慣。
如何防止飛沫傳染
颱風式的病毒傳播，例如流行性感冒，大多是靠空氣或口沫傳播。較大的口沫滴（半徑1厘米）大概最多飛行兩三公尺就會因重力掉下來。小滴的口沫在比較乾燥的地方會快速揮發，不會飛太遠。但如果濕度比較高，這些含有病毒的口沫愈容易被吸入肺部（大滴的口沫在鼻腔就被抓住了，但如果張口說話或飲食就會直接進入氣管），造成肺部感染。當然，病毒能感染的範圍要視它能在空氣中活多久而定。流感病毒能感染的範圍很小，大多都是靠近距離傳染，除非是用力咳嗽或打噴嚏，口沫大量地加速送出，打一個噴嚏大概會產生約兩萬個大大小小的水珠，傳染力很高，口蹄疫病毒可以活得很久，會造成長距離的傳染。
這些因素告訴我們，為什麼流行病大都發生在天氣不太熱的季節。天氣熱，水滴揮發比較快，病毒也比較不穩定。在又乾又熱的地方，這種方式的傳播一定更不容易。如果照這個道理推想，減少在醫院內交互感染的方法，應該是升高室內溫度、用除濕機降低濕度，讓小滴的口沫快速揮發。除濕機還可以蒐集空氣中含有病毒的水滴，用鹼及消毒水殺掉病毒，等於過濾空氣。
大家都害怕空氣傳來病毒，SARS的冠狀病毒在空氣中能活多久？根據幾年前的一篇研究報告指出，一種會讓人感冒的冠狀病毒在攝氏20度及50%相對濕度下，可在空氣中存活大約67小時；當濕度降到30%時，則只能活27小時。這種病毒最不穩定的情況則是濕度很低的環境，大約只能活3小時；在低溫、高濕度的情況下，病毒可以活得相當長。另外一個跟感冒有關的病毒則對濕度很敏感，在低濕度時，病毒很快就沒有活性。這些研究指出，病毒能在空氣中能活多久，跟環境很有關係，而且每一種病毒都不太一樣。如果能找出病毒最不穩定的環境條件，對於防止及控制院內感染有很大的幫助。
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